目前最常用的手术方式是切除输卵管管芯，保留输卵管系膜，尽可能减少卵巢的损伤。优点是可以彻底去除慢性感染的组织，避免脓肿形成，利于取卵手术的顺利进行，减少卵子污染、附件扭转等，此外可降低卵巢上皮性癌、异位妊娠等潜在风险。缺点是可能损伤邻近的卵巢血管，导致卵巢功能下降，有部分患者可能因为盆腔粘连严重而无法切除。目前大多数研究认为输卵管切除术后，可明显提高IVF-ET的妊娠率、降低流产率，对卵巢功能是否有损伤，目前存在争议。

Ye XP等研究发现输卵管切除术后的FSH较术前升高，抗苗勒管激素则有所下降，提示输卵管切除术可能会导致卵巢储备功能下降。Mohamed AA等研究显示输卵管切除术前与术后AMH无明显改变。Volodarsky-Perel A等通过系统回顾和Meta分析结果表明，在随机对照试验和观察研究中，输卵管切除术组与非输卵管切除治疗组相比，回收的卵母细胞数量和FSH总剂量相似。

输卵管切除术组的活产率、临床妊娠率和植入率均高于非输卵管切除治疗组，认为切除术不影响IVF卵巢的反应性。Chen T等对进行IVF-ET助孕的输卵管积水患者按照是否切除输卵管分组，再按年龄＜35岁和35～39岁分组，结果发现:＜35岁组，窦卵泡数、总促性腺激素剂量、用药时间、取卵数、受精率、可用胚胎数、活产率、临床妊娠率、流产率、异位妊娠率等差异无统计学意义。35～39岁组，切除组患者除了窦卵泡数下降，其他指标与未切除组比较差异均无统计学意义。切除输卵管虽然降低35～39岁组IVF-ET 患者窦卵泡数，但对最终的妊娠结局无影响。Wu S等Meta分析输卵管切除术与输卵管结扎术对卵巢储备功能影响，发现短期内输卵管切除术对卵巢储备的损害大于输卵管结扎术。然而，对卵巢储备的长期影响仍不确定。